Bolívar fue propietario de la quinta por diez años aunque la habitó solamente por 423 días. En 1821, la ocupó por primera vez en dos ocasiones una en el mes de enero, antes de partir a la campaña que terminó con la independencia de Venezuela en la Batalla de Carabobo; y en octubre del mismo año, antes de iniciar la Campaña Libertadora del Sur, el 13 de diciembre.
Cinco años más tarde en noviembre de 1826 terminada la campaña del sur, Bolívar regresó a Santafé y reasumió la Presidencia de la República. Desde entonces y hasta su partida final en 1830, habitó de manera esporádica este lugar siendo su refugio luego de sus constantes viajes y del tenso ambiente político.
En 1828, cuando Bolívar vivía sus momentos más críticos, Manuelita Sáenz llegó a la quinta, ellos se habían conocido en Quito años antes y desde entonces surgió un profundo amor. Manuelita brindó apoyo incondicional al Libertador y a sus amigos, de quienes se convirtió en hábil consejera. Su presencia transformó la Quinta en lugar de fiestas y reuniones. La Quinta fue testigo de eventos importantes en la vida de El Libertador como la instauración de la Gran Colombia y la culminación de la Campaña del Sur. También vivió los momentos críticos causados por los graves sucesos de la crisis republicana y la oposición de los enemigos a las ideas bolivarianas que culminó con su derrota política en la Convención de Ocaña. Esta Quinta sirvió de refugio al Libertador después del atentado del 25 de septiembre de 1828, donde su vida estuvo en peligro y cuando firmó la negativa a conmutar la pena de muerte a los conjurados por este hecho.
En 1922, la Nación se convirtió en su propietaria para adaptarla como museo y encargó su administración a la Sociedad de Embellecimiento. En 1968, el Ministerio de Obras Públicas asumió el manejo de la Quinta y en 1975 fue declarada Monumento Nacional. En 1991, el Gobierno Nacional solicitó a la Sociedad de Mejoras y Ornato de Bogotá que restaurara la Quinta. Luego de más de siete años de trabajo conjunto con la Subdirección Nacional de Monumentos y el Ministerio de Cultura de Colombia, la Quinta recuperó el carácter de casa campestre y el aspecto que tuvo cuando el Libertador la habitó. (texto:museo de la quinta)
